רפואת שיניים ביולוגית נמנעת משימוש בחומרים רעילים כמו סתימות כהות (אמלגם) המכילות כ- 50% כספית, ומתכות כבדות אחרות כמו ניקל, נחושת.  חומרים אלה הנמצאים בשימוש ברפואת השיניים הרגילה הם רעילים למערכת העצבים המרכזית.  רפואת השיניים הביולוגית מציעה אלטרנטיבות לא רעילות לטיפול בשיניים.  בארה"ב נערכו מאבקים משפטיים רבים נגד השימוש באמלגם, ורופאי שיניים רבים עושים הסבה לרפואת שיניים ביולוגית.